Cаске  сопровождает "Четверка звука" и они же помогают Саске перейти на второй уровень ПП. На границе селения Листвы Наруто догоняет Саске и они начинают бой. Во время боя у Учихи в голове зреет страшный замысел - убить своего лучшего друга. Благодаря второму уровню ПП, Саске все же одерживает верх, но убить Наруто все же не может, и решив добыть силу иным путем, нежели брат, уходит.
У Орочимару.
В отличии от всех подчиненных Орочимару, Саске проявляет к нему сильную антипатию и отсутствие малейших признаков уважения. Несмотря на то что он находился на "темной стороне" Саске почти не изменился по-характеру, хотя во много раз улучшил свои навыки ниндзя. Встреча с обновленной командой ¹7 проходит очень холодно, Саске показывает себя равнодушным. Он даже замахивается на Наруто, но его останавливает Сай. Учиха демонстрирует свои теперешние возможности, включая возросшую силу Шарингана. Он проникает в подсознание Наруто и "знакомится" с лисом. Со словами о том, что его силы недостаточно для того чтобы убить Итачи, он исчезает.
Во второй части манги Саске появляется в 300 главе. Свою личность он сохранил практически нетронутой. Впервые сталкивается с Саем, но его больше интересует Орочимару, а не новенький. Когда же Сай рассказывает ему о том, что его ищут Сакура и Наруто, Саске показывается довольно-таки безразличным. Также, встречая своих бывших товарищей, остаётся достаточно равнодушным, объясняя, что он разорвал все отношения со своими друзьями, так как это отвлекало его от единственной цели — мести своему старшему брату Итати, и все то, что он испытывал когда-то, теперь уже более не существует. Более того, на этот раз в действительности пытается убить Наруто, но его в последний момент останавливает Сай. В конце концов, Саске утверждает что ни он, ни Орочимару не имеют достаточно силы, чтобы победить Итати, и, чтобы достичь задуманного, он готов отдать своё тело Орочимару для Техники Бессмертия.
Во время боя с обновленной командой Какаши, Саске демонстрирует свою возросшую силу. Увеличилась не только его сила и скорость, но и его Шаринган стал более мощным. Ему теперь удаётся увидеть Девятихвостого Лиса внутри Наруто. Демон сразу же узнаёт Сяринган, говоря, что видел его у Мадары Учиха. Помимо традиционного оружия сейчас Сасукэ использует катану, похожую на меч Орочимару, Кусанаги. Также он усовершенствовал технику Чидори (Тысячи Птиц), научился выпускать чакру из всего тела и пропускать её по мечу. В момент, когда он использует свою новую технику, его останавливает Орочимару.
В отличии от Кабуто и других подчинённых Орочимару, которые в знак уважения называют его «Орочимару-сама»(сама — высокая степень уважения), Саске обращается к нему без какого-либо уважительного суффикса. Также он никогда не называл Какаши «сенсейем» (наставником), что в культуре Японии считается очень большим неуважением. Несмотря на то, что теперь Саске являлся частью Селения Звука, он не носил лобовую повязку селения, как это делали остальные подчинённые Орочимару.
[править] Восстание против Орочимару
Некоторое время спустя Саске появляется в окружении тысячи им побеждённых ниндзя, но Орочимару упрекает его в том, что тот не убил ни одного из них. Кроме того, говорит ему, что для победы над его братом он не должен испытывать никакого сострадания. Некоторое время спустя, вернувшись в своё логово, Орочимару вынужден находиться в постели, потому как его тело начинает отторгаться; используя такой шанс, Саске атакует его, утверждая, что тот уже не сможет дать ему больше ничего нового.
Саске хочет убить Орочимару. Бой начался, Орочимару превращается в большую белую змею и обманом парализует Саске, после чего начинает ритуал по перемещению разума внутрь тела молодого ниндзя. В это время Саске использует Шаринган, ту же технику, которую когда-то применил Итати для остановки Орочимару во время такого же ритуала. Следующая глава даёт понять что, всё завершилось в пользу Орочимару, но на вопрос Кабуто: «Кто ты на самом деле?», Саске создаёт иллюзию, где показывает ниндзя-медику, как завершилась схватка: во время ритуала переселения душ, Саске применяет своё новое иллюзорное дзюцу и с помощью одной лишь силы мысли выходит из измерения, созданного Орочимару и поглощает его самого, присвоив всё, чем обладал Сеннин.
[править] Битва с Итати
После этого Саске отправляется сначала в лабораторию исследований и экспериментов, где освобождает Суйгэцу, ниндзя из Селения Тумана, а потом в темницу за Карин. Узнав от нее, что некий Дзюго является источником и основателем Проклятой Метки, они идут за ним. Сформированной команде даётся название Хёби (яп. 蛇), что в переводе означает "змея". В последних частях манги, сражаясь против своего брата Итати, озвучивает свою цель в жизни - убийство всех обладателей Мангекю Шаринган.
После долгой схватки, в которой Итати использовал техники Мангекю Шаринган такие как Бог Солнца (Аматэрасу) и Бог Луны (Цукуёми) он оказывается сильно истощенным. Дзэцу, наблюдающий за схваткой, заметил, что Итати сильно ослаблен еще до начала боя. Вдобавок, после использования Цукуёми, он практически полностью ослеп, и видит только нечеткие тени. Наконец он применил свою последнюю технику Сусаноо. У Саске заканчивается чакра и Орочимару вырывается на свободу. Но погибает от мощнейшей техники Итати - Сусано. Орочимару был пронзён мечом Тоцука, так же известным как Катана Сакэгари. Сасукэ пытается атаковать но Щит отражает все атаки. В конце концов Итачи сумел поймать Сасукэ в технику каменных змей и уже собирался забрать его глаза, чтобы заменить свои поврежденные техниками Мангекю Шарингана. Но щелкнув Саске пальцем по лбу, как он это делал в детстве, Итати падает замертво. Саске падает рядом с братом.
Саске приходит в себя в какой-то пещере рядом с Тоби. Тоби вылечил его и изъявил желание поговорить. Сказав что он тот третий, кто владеет Мангекю Шаринганом и что он Учиха Мадара, начал снимать маску, чтобы показать свое лицо. Но левый глаз Саске неожиданно активирует Мангекю Шаринган и Аматэрасу поглощает Тоби. Тот выходит из дыма совершенно невредимым и сообщает, что Итати всегда пытался защитить Саске и передал ему все свои способности перед гибелью. Тоби рассказал всю праву про Итати, что он всегда хотел защитить Саске и уничтожил свой клан не по собственному желанию, а по приказу высшего руководства Конохи. Итати всегда любил свою деревню и их жителей. Но больше всего он любил своего брата, поэтому не смог его убить. Для себя он решил, что умрет только от руки Саске. Поэтому он заставил Саске ненавидеть его, так как именно ненависть помогла бы ему стать сильным. Он до каждой мелочи продумал их финальный поединок. Избавив Саске от Орочимару и проклятой метки, перед смертью он передал все свои способности Саске, наградив его тем самым новой силой - Вечным Мангекю Шаринганом После долгого размышления об услышанном, переименовав свой отряд в "Ястреб", Саске озвучил свою новую цель в жизни - полное уничтожение Конохи .Наиболее сильные гены тенгу и потенциал Саске выше, чем Итачи. Коноха-тенгу, демона Соджёбо. Саске и он больше похож на своего далекого предка